以下、自分のメモがわりとして移行手順をば…

・DBのバックアップ
・mtフォルダ及び各コンテンツのバックアップ
・ftpでアップロード（全asciiモード）
・imagesフォルダをbinaryで上書きftpアップ
・mt-config.cgiへの追記
・管理画面にログインし、バージョンアップを実行
・サイトを再構築

公式の手順書はこちら。