そもそも甲武鉄道は、新宿〜羽村を結ぶ甲武馬車鉄道としての敷設願に端を発するが、その後計画は修正されつつ1889（明治22）年には新宿から立川を経て、八王子までが開通する。 ついで東京市街線の建設に着手した甲武鉄道は、1895（明治28）年までに新宿〜飯田町間を順次開通させ、都心部への進出を果たす。 下図右はこの当時の飯田町駅構内配線図だが、開通時はまだ蒸気運転だった為、機関車を逆方向に付替えるのに使う機廻線や、客車庫、機関庫等の施設が見える。 旅客ホームは現在の中央快速線あたりの場所にあったようで、頭端式のホームを降りた乗客は築堤を下った先にある駅本屋を抜け、小石川通りに面した駅前広場から目的地へと散って行った事だろう。奇しくもここは現在、JR貨物本社ビルのエントランスとなっている。

その後、市街線の頻繁運転という性格上、電車運転を開始し、同時に路線は飯田町から先、東京方面へと順次延長される。また、1928（昭和3年）には一つ新宿寄りの牛込駅と統合する形で飯田橋駅が開業、1933（昭和8）年には正式に貨物専用駅となり飯田町は旅客駅としての機能を失う。 1972（昭和47）年には、周辺に多かった新聞社や印刷会社の需要に答える形で飯田町紙流通センター（IPC）を開設し、以後 1997（平成9）年に紙輸送列車が廃止されるまで、各地から紙製品を積んだ列車が到着していた。 下の空中写真はその紙流通センターが出来て数年後の姿。白い大きな建物がそれで、2本の線路が中に引き込まれているのがわかる。それに沿う形で貨物駅部分も線路が残されているが、その中にはターンテーブルらしき物があるのが見えるだろうか。

1904（明治37）年に御茶ノ水までの延長が完成した甲武鉄道は、その営業成績が好調だった事もあり国有化されて 1906（明治39）年、中央本線の一部となる。 その後、昌平橋仮駅を経て万世橋駅が開業したのは 1912（明治45）年の事。辰野金吾（後に東京中央駅も設計）の手によるその駅舎は、赤煉瓦と御影石を組み合わせたネオルネッサンス式の威風堂々たる建物で、二階にあったミカドの経営する食堂には多くの著名人が集ったと言う。 しかしその後すぐ東京駅への高架線が開通すると、利用者は減り駅は衰退。さらには関東大震災で自慢の駅舎が消失し、戦時中の昭和18年には廃止となっている。

下は何れも読者の方が撮影した最近の駅構内跡の様子だが、中央線の上下線に挟まれる形で島式のホームが一面残っているのが見て取れる。これは通過する電車の車窓からも観察出来るが、ホーム上面には雑草が伸び放題でさながら屋上の花壇のようだ。このホームへと至る階段が交通博物館内に残されており、普段は閉鎖されているが時々特別に公開される事もある。 駅を写した古い絵葉書を見ると駅構造は島式ホーム2面4線のように思えるが、もう一本のホームは高架線上に残っていない。それがあったと思しきあたりには数本の留置線が延びており、時々保線用の機械が止まっていたりする。